Война внесла большие коррективы в деятельность физкультурных организаций. Уход на фронт организаторов, физкультурников и спортсменов сказался на дальнейшем развитии физкультурного и спортивного движения. Прекратили строиться спортивные сооружения и площадки, гораздо меньше проводилось спортивных соревнований. Но физкультурные и спортивные организации продолжали работать. Они вели ее, как и весь советский народ, под лозунгом «Все для фронта! Все для победы над фашизмом!»
Вместо ушедших на фронт мужчин физкультурные организации возглавили лучшие довоенные спортсменки, неоднократные чемпионки и призеры.
Физкультурники и спортсмены, не призванные в армию, самоотверженно трудились в тылу. Они ковали оружие, растили хлеб и помогали своим трудом Советской армии громить врага. Люди собирали теплые вещи и отправляли их на фронт.
Физкультурные организации республики совместно с военкоматами и организациями осоавиахима обучали членов добровольных спортивных обществ, физкультурников военно-прикладным упражнениям, проводили военизированные походы, занятия по стрельбе из боевого оружия, комбинированные эстафеты с элементами, дающих навыки для боевой обстановки, а именно: соревнования на воде, высадке десанта, штыковой бой, бой с оружием и без оружия. Только в период с июня по ноябрь 1941 г. в таких соревнованиях участвовало 5000 человек.
Физкультурницы учились на курсах по подготовке медицинских сестер. Среди них неоднократные чемпионки, члены сборных команд М. Самойлова, Л. Панова, Тихонова и другие. Комитет по физкультуре и спорту организовал курсы для учителей физкультуры, которые освоили знания по лечебной гимнастике. В годы войны были госпитали для раненых фронтовиков. Работали в них и выпускники курсов.
В годы войны резко сократилось количество городских, районных и республиканских соревнований. Однако нельзя сказать, что спортивная жизнь замерла. В соревнованиях участвовали в основном городские физкультурники и спортсмены, отдельные из которых показывали по тем временам не плохие результаты.
Сегодня в это почти невозможно поверить, но в то время, когда нацистская Германия на весь мир кричала о том, что не сегодня завтра войска Третьего рейха вступят в столицу Советского Союза, когда эту самую столицу постоянно забрасывали бомбами, когда танки стояли еще в Клину, в Москве прошел Кубок по хоккею с мячом, на Пионерских прудах состоялись соревнования по конькобежному спорту с участием прославленных Кудрявцева и Капчинского, прошел открытый чемпионат по шахматам на первенство города - все это было в декабре 1941-го...
А несколькими месяцами ранее, 1 июля 1941 года на стадионе «Динамо» яблоку негде было упасть от знаменитых на весь СССР спортсменов. Здесь был конькобежец Капчинский, Серафим и Георгий Знаменские, Любовь Кулакова, Сергей Щербаков, Константин Кудрявцев, Григорий Пыльнов... Целыми курсами шли на этот митинг студенты Института физкультуры. Прямо здесь была сформирована Отдельная мотострелковая бригада особого назначения - ОМСБОН НКВД СССР, костяк которой и составили спортсмены. Во время войны они прыгали с парашютом и ходили в бой на лыжах, подрывали танки и воевали в партизанских отрядах, обучали других рукопашному бою и тренировали выносливость у бойцов.